בימינו קיימים מספר אתגרים מרכזיים לקידום אזרחות משותפת במערכת החינוך הישראלית בפרט ובחברה הישראלית בכלל. ההפרדה המבנית של בתי הספר הישראליים לארבעה זרמי חינוך מציבה אתגר מרכזי בקידום האזרחות המשותפת בישראל בכלל ובחינוך לאזרחות משותפת בפרט .החל מן הגן ועד לבית הספר התיכון מפרידה מערכת החינוך הישראלית אזרחים צעירים לארבעה זרמי חינוך שונים :ממלכתי ,ממלכתי-דתי, חרדי עצמאי וממלכתי-ערבי. גם זרמים אלו מכילים בתוכם תתי זרמים נוספים, לדוגמה, הזרם האשכנזי והזרם הספרדי בחינוך החרדי-עצמאי והזרמים הבדואים והדרוזים הנפרדים מ"אגף החינוך לערבים", אף ששלושתם מלמדים בשפה הערבית.
בנסיבות אלו ,ישראלים צעירים בעלי רקע שונה ומגוון כמעט שאינם נפגשים .הלמידה בנפרד, ובאופן כללי החיים בנפרד, מונעים מאזרחים צעירים הזדמנויות לפגוש אחרים מדתות ורקעים לאומיים שונים, להכירם ולהרגיש נוח במחיצתם .למרבה הצער ,היעדר מפגשים כאלו יוצר אקלים נוח לטיפוח סטריאוטיפים ולחיזוק דעות קדומות הדדיות.
על מנת לצמצם סכנה זו, חשוב וניתן לנקוט במספר צעדים במערכת החינוך כפי שהיא :השתלמויות משותפות של מורים מזרמים שונים, הצגה חיובית של "האחר "בחומרי הלימוד בכל זרם ,ועידוד ייצוג של זהויות שונות ומגוונות בחדרי המורים בכל זרם. אולם צעדים אלו ,למרות חיוניותם וחשיבותם, הינם מוגבלים מטבעם. קשה לתאר את גודל האתגר שמציב ה ההפרדה במערכת החינוך בפני קידום האזרחות המשותפת. אפשר לקבוע בפשטות כי מערכת חינוך מפוצלת מסייעת להיווצרותה של חברה מפוצלת. אף על פי כן, ההשפעה השלילית של ההפרדה במערכת החינוך על האזרחות המשותפת בישראל לא נדונה רבות בשיח הציבורי ולא זכתה לתשומת לב ממשלתית. ואכן ,בתום שישים שנות הפרדה שיטתית במערכת נתפס המשך קיומם של זרמים חינוכיים נפרדים כדבר טבעי ובלתי נמנע ,חרף העובדה שזהו מצב מאד ייחודי בעולם. כבר מזמן הגיעה העת שיתעורר לכל הפחות דיון ציבורי מעמיק בנוגע להשלכותיה של מדיניות זו על אופייה והמשכיותה של החברה הישראלית.
ההפרדה השיטתית בין תלמידים ישראלים אינה המכשול היחיד העומד בדרכו של החינוך לאזרחות משותפת במערכת החינוך. מכשול נוסף הוא הנטייה למתן עדיפות נמוכה לחינוך ערכי במערכות חינוכיות לעומת העדיפות הגבוהה המוענקת להעברת ידע בעל ערך כלכלי מעשי.
